Berulang kali kota Balikpapan dilanda musibah baik yang diakibatkan oleh banjir, tanah longsor maupun angin puting beliung yang mengakibatkan aktifitas warga lumpuh total. Banjir yang terjadi pada tanggal 09 Juli 2008 telah memporak porandakan segala fasilitas umum kota Balikpapan. Ribuan rumah terendam , 2 orang warga tewas akibat tertimbun tanah longsor dan 1 orang tewas akibat terseret arus, 7400 sambungan telpon rumah dan flexy milik telkom terputus, Ratusan pedagang yang bertempat di Mal Ramayana Rapak kota Balikpapan mengalami kerugian hingga ratusan juta akibat lantai basement terendam air bercampur lumpur. Angin puting beliung yang terjadi pada hari itu juga menambah penderitaan warga Balikpapan, Atap perumahan Pertamina dan Stadion Persiba yang berada dilokasi karang anyar banyak yang rusak akibat diterpa angin puting beliung tersebut.
Pemerintah Kota Balikpapan menghadapi bencana yang terjadi tidak dapat berbuat banyak. Langkah darurat yang dilakukan Pemkot Balikpapan yaitu melakukan evakuasi warga yang berada dilokasi yang mengalami banjir cukup parah yaitu di wilayah Kecamatan Balikpapan Selatan, terutama di kelurahan Damai yang menjadi kawasan terparah akibat terendam air hingga 2 meter.
Pemerintah Propinsi Kalimantar Timur melalui Pejabat Gubernur dan Muspida juga telah memberikan bantuan sebesar 1 Milyar rupiah yang diterima langsung oleh Bapak Imdaad Hamid,SE selaku Walikota Balikpapan. Bantuan ini untuk meringankan beban warga yang terkena musibah beruntun di Tahun 2008 ini.
Gapeksindo Balikpapan menghimbau Pemerintah Kota Balikpapan agar mengambil langkah cepat untuk mengantisipasi bencana banjir,tanah longsor dan angin puting beliung yang kerap terjadi dikota yang terkenal dengan Julukan Kota Beriman. Langkah penting yang harus diambil adalah :
- Mengevaluasi studi dan rekomendasi penanganan banjir yang telah dilakukan pihak ITS , yang ternyata tidak dapat berjalan sesuai rencana.
- Menyelesaikan pembangunan Bozem yang tertunda pelaksanaannya akibat kendala pembebasan tanah warga.
- Membuat Master Plan Drainase dan Penanggulangan Banjir yang Komprehensif sesegera mungkin , dan segera melaksanakan seluruh rencana tersebut ditahun 2008 ini juga.
- Menghimbau warga agar dalam membuat desain rumah yang akan dibangun menggunakan Desain Rumah Panggung.
- Merelokasi warga yang berada di lokasi rawan longsor.